La divisione inquinamento delle acque si occupa principalmente di ricerche e controlli per il rilevamento sistematico delle caratteristiche qualitative e quantitative dei corpi idrici e degli scarichi degli insediamenti urbani produttivi sia agricoli che industriali. Il laboratorio si occupa dei controllo di tutti i parametri previsti dalle leggi vigenti su:

• acque destinate al consumo umano
• acque marine
• acque reflue civili e industriali
• percolati
• monitoraggio in continuo di pozzi pilota con controlli dei loro grado di inquinamento
• acque superficiali
• acque uso irriguo e fertirrigazione
• acque uso coltura, pesci, crostacei, molluschi etc.

Le determinazioni analitiche vengono effettuate, normalmente, secondo i metodi previsti dalle stesse leggi. In mancanza di esplicito riferimento vengono adottati i seguenti metodi: I.R.S.A., C.N.R., U.N.I., U.N.I.C.H.I.M., STANDARD METODS, E.P.A., N.I.O.S.H., o altri a richiesta dei cliente.